Depuis sa création, l’Agence eSanté a résolument pris le parti de consulter les professionnels de santé et les représentants de la Patientevertriedung dans ses réflexions et dans ses décisions stratégiques.

Dans cet objectif elle a institué différents organes de concertation auxquels elle a fait appel tout au long du processus de développement de la plateforme eSanté. Parmi ces comités on compte:

- Les commissions consultatives :
Le Conseil de Gérance a instauré deux commissions consultatives faisant fonction d’organe de recommandation. Celles-ci sont composées de représentants des membres du GIE. Elles traitent chacune deux sujets distincts : la première traite les aspects éthiques et déontologiques, et la deuxième l’interopérabilité. L’objectif de ces commissions est d’assister l’Agence dans les travaux de réflexion devant mener d’une part à un cadre d’interopérabilité (y inclus les référentiels) et d’autre part à un cadre déontologique / éthique d’utilisation des données de santé.

- Les groupes de travail autour de l’interopérabilité :
Dans un premier stade l’Agence eSanté a consulté les principaux acteurs de la santé pour l’élaboration de son schéma directeur des systèmes d’information de santé : dans un premier lieu pour récolter leur input afin de pouvoir faire un état des lieux des systèmes d’information de santé existants et identifier les flux d’information des établissements; ensuite, pour sonder les besoins des professionnels de santé.  
En outre, plusieurs réunions de travail ont eu lieu autour du CDA (« Clinical Document Architecture »), la norme HL7 couramment utilisée pour les documents cliniques. Ces groupes de travail CDA étaient composés d’experts dans le domaine d’analyse biologique et de radiologie, afin de définir un référentiel d’implémentation des spécifications des meta-données de l’entête de CDA, ainsi que des spécifications structurelles du contenu des rapports radiologique et d’analyse biologique.
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- Les groupes de travail autour de la matrice d’habilitation :
L’Agence eSanté a instauré des groupes de travail composés de représentants des différents métiers de santé pour élaborer la matrice d’habilitation qui rassemble tous les droits d’accès des professionnels de santé au DSP. Ces droits d’accès sont déterminés en fonction du métier qu’ils exercent et du type de données et documents qu’ils auront besoin de consulter dans le cadre de l’exercice de leur profession. L’Agence eSanté a ainsi organisé 24 réunions de travail avec au total 95 professionnels.