Le modèle de gouvernance adopté par le G.I.E. Agence eSanté regroupe au niveau de l’Assemblée générale et du Conseil de gérance les acteurs de santé concernés, tant du domaine public et privé que du domaine des prestataires de soins, ou encore de la représentation des intérêts des patients.
Son Conseil de Gérance est composé de 9 personnes, à savoir :
Président : Monsieur Paul Schmit
Membres :
- Monsieur Raymond Wagner – gérant représentant l’Etat
- Monsieur Mike Schwebag - gérant représentant l’Etat
- Monsieur René Pizzaferri – gérant représentant la Caisse Nationale de Santé
- Monsieur Claude Bizjak - gérant représentant la Caisse Nationale de Santé
- Dr. Jean Uhrig – gérant représentant l’Association des Médecins et Médecins-Dentistes 
- Dr. Claude Schummer – gérant représentant l’Association des Médecins et Médecins-Dentistes 
- Monsieur Christian Oberlé – gérant représentant la Fédération des Hôpitaux Luxembourgeois 
- Monsieur Christophe Nardin – gérant représentant la Fédération des Hôpitaux Luxembourgeois 

Une gouvernance plus élargie est prévue au niveau de son Assemblée Générale dans laquelle siège un représentant de chaque membre  du G.I.E. Agence eSanté. 

La gestion journalière est assurée par une équipe  dynamique et pluridisciplinaire dirigée par Monsieur Hervé Barge.