La création de l’Agence eSanté trouve ses origines dans le plan d’action eSanté lancé par le gouvernement en octobre 2006. En effet, les premiers projets mis en place dans le cadre de ce programme eSanté ont démontré que les professionnels de santé avaient besoin d’une plateforme qui leur permettrait d’échanger et de partager des données électroniques de santé. En septembre 2010, le Conseil de gouvernement a décidé de créer une Agence nationale chargée de la mise en place de cette plateforme de partage et d’échange de données de santé. La loi du 17 décembre 2010 portant réforme du système de santé a ensuite conféré une base légale à l’Agence eSanté par le biais des articles 60ter et 60quater.

L’Agence eSanté a réellement vu le jour le 25 octobre 2011, date à laquelle les acteurs du système de santé se sont mis d’accord sur la création du groupement d’intérêt économique (G.I.E.) «Agence eSanté - Agence nationale des informations partagées dans le domaine de la santé ». 

Après les premiers recrutements lancés en mars 2012, l’Agence eSanté est réellement devenue opérationnelle en septembre 2012 avec une équipe comptant 5 personnes.

Aujourd’hui la gestion de l’Agence eSanté est assurée par une équipe  dynamique et pluridisciplinaire composée de 9 personnes, dirigée par Monsieur Hervé Barge.